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Pesquisa da sequência de um gene e da proteína codificada Intermédio

Publicado em 18/11/2005 

Obtenção da grelha de leitura aberta (ORF)

Na página do NCBILink externo encontra-se um programa (ORF Finder) que analisa uma sequência de DNA nas 6 grelhas de leitura (ORFs) possíveis.

Para encontrar a grelha de leitura aberta, ou ORF, pretendida, é necessário copiar a sequência de 1563 bp encontrada anteriormente, inseri-la no local indicado (“Enter Sequence”) e clicar em “ORFind”.

DGP 3

O programa ORF Finder identifica todas as presumíveis ORFs encontradas nas três fases de leitura, em ambas as cadeias, e considerando o tripleto “ATG” como codão de iniciação. Para seleccionar uma das 13 ORFs identificadas e apresentadas à direita por ordem decrescente de tamanho, basta “clicar” na barra verde correspondente que o programa devolve a sequência de nucleótidos da ORF e a respectiva tradução.

Ao analisar os resultados obtidos, é possível constatar que a primeira ORF indicada (grelha de leitura aberta +3), começa e acaba da mesma forma que o gene em causa (162 a 1550). Ao “clicar” então na barra correspondente à ORF que começa no nucleótido 162 e acaba no 1550, o programa devolve a sequência do gene bem como a respectiva sequência de aminoácidos.

No resultado dado pelo programa, é possível ver evidenciadas as várias metioninas (a azul turquesa), presentes na sequência de aminoácidos, bem com o codão de iniciação da ORF escolhida (ATG).

Porque é que foi então considerado o primeiro codão ATG, como codão de iniciação e não qualquer um dos outros? Ver resposta

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